R/load-init.R
load_init.RdThis function is used to read in data from the initial conditions file.
load_init(init, vars)
| init | Character string giving the connection of the initial conditions netcdf file.
The filename usually contains |
|---|---|
| vars | Vector of character strings giving the variables to extract from the netcdf file. |
A list of dataframes with columns atoutput, polygon and layer (if present).
Other load functions:
load_box(),
load_bps(),
load_dietcheck(),
load_fgs(),
load_init_age(),
load_mort(),
load_nc_physics(),
load_nc(),
load_rec(),
load_spec_mort(),
load_spec_pred_mort(),
load_txt()
Alexander Keth
d <- system.file("extdata", "setas-model-new-trunk", package = "atlantistools") init <- file.path(d, "INIT_VMPA_Jan2015.nc") load_init(init, vars = "Planktiv_S_Fish1_Nums")#> [[1]] #> atoutput polygon layer #> 1 NA 0 0 #> 2 NA 0 1 #> 3 NA 0 2 #> 4 NA 0 3 #> 5 NA 0 4 #> 6 NA 0 NA #> 7 NA 0 6 #> 8 7258389 1 0 #> 9 NA 1 1 #> 10 NA 1 2 #> 11 NA 1 3 #> 12 NA 1 NA #> 13 NA 1 NA #> 14 NA 1 6 #> 15 5181795 2 0 #> 16 NA 2 1 #> 17 NA 2 2 #> 18 NA 2 3 #> 19 NA 2 4 #> 20 NA 2 NA #> 21 NA 2 6 #> 22 7270500 3 0 #> 23 NA 3 1 #> 24 NA 3 2 #> 25 NA 3 3 #> 26 NA 3 4 #> 27 NA 3 NA #> 28 NA 3 6 #> 29 9743202 4 0 #> 30 NA 4 1 #> 31 NA 4 2 #> 32 NA 4 3 #> 33 NA 4 4 #> 34 NA 4 5 #> 35 NA 4 6 #> 36 8944112 5 0 #> 37 NA 5 1 #> 38 NA 5 2 #> 39 NA 5 3 #> 40 NA 5 4 #> 41 NA 5 5 #> 42 NA 5 6 #> 43 NA 6 0 #> 44 NA 6 1 #> 45 NA 6 2 #> 46 NA 6 3 #> 47 NA 6 4 #> 48 NA 6 NA #> 49 NA 6 6 #> 50 NA 7 0 #> 51 NA 7 1 #> 52 NA 7 2 #> 53 NA 7 3 #> 54 NA 7 4 #> 55 NA 7 5 #> 56 NA 7 6 #> 57 NA 8 0 #> 58 NA 8 1 #> 59 NA 8 2 #> 60 NA 8 3 #> 61 NA 8 4 #> 62 NA 8 5 #> 63 NA 8 6 #> 64 NA 9 0 #> 65 NA 9 1 #> 66 NA 9 2 #> 67 NA 9 3 #> 68 NA 9 4 #> 69 NA 9 5 #> 70 NA 9 6 #> 71 NA 10 0 #> 72 NA 10 1 #> 73 NA 10 2 #> 74 NA 10 3 #> 75 NA 10 4 #> 76 NA 10 5 #> 77 NA 10 6 #>#> [[1]] #> atoutput polygon layer #> 1 18 0 0 #> 2 18 0 1 #> 3 18 0 2 #> 4 18 0 3 #> 5 18 0 4 #> 6 18 0 NA #> 7 18 0 6 #> 8 18 1 0 #> 9 18 1 1 #> 10 18 1 2 #> 11 18 1 3 #> 12 18 1 NA #> 13 18 1 NA #> 14 18 1 6 #> 15 18 2 0 #> 16 18 2 1 #> 17 18 2 2 #> 18 18 2 3 #> 19 18 2 4 #> 20 18 2 NA #> 21 18 2 6 #> 22 18 3 0 #> 23 18 3 1 #> 24 18 3 2 #> 25 18 3 3 #> 26 18 3 4 #> 27 18 3 NA #> 28 18 3 6 #> 29 18 4 0 #> 30 18 4 1 #> 31 18 4 2 #> 32 18 4 3 #> 33 18 4 4 #> 34 18 4 5 #> 35 18 4 6 #> 36 18 5 0 #> 37 18 5 1 #> 38 18 5 2 #> 39 18 5 3 #> 40 18 5 4 #> 41 18 5 5 #> 42 18 5 6 #> 43 18 6 0 #> 44 18 6 1 #> 45 18 6 2 #> 46 18 6 3 #> 47 18 6 4 #> 48 18 6 NA #> 49 18 6 6 #> 50 18 7 0 #> 51 18 7 1 #> 52 18 7 2 #> 53 18 7 3 #> 54 18 7 4 #> 55 18 7 5 #> 56 18 7 6 #> 57 18 8 0 #> 58 18 8 1 #> 59 18 8 2 #> 60 18 8 3 #> 61 18 8 4 #> 62 18 8 5 #> 63 18 8 6 #> 64 18 9 0 #> 65 18 9 1 #> 66 18 9 2 #> 67 18 9 3 #> 68 18 9 4 #> 69 18 9 5 #> 70 18 9 6 #> 71 18 10 0 #> 72 18 10 1 #> 73 18 10 2 #> 74 18 10 3 #> 75 18 10 4 #> 76 18 10 5 #> 77 18 10 6 #> #> [[2]] #> atoutput polygon layer #> 1 68 0 0 #> 2 68 0 1 #> 3 68 0 2 #> 4 68 0 3 #> 5 68 0 4 #> 6 68 0 NA #> 7 68 0 6 #> 8 68 1 0 #> 9 68 1 1 #> 10 68 1 2 #> 11 68 1 3 #> 12 68 1 NA #> 13 68 1 NA #> 14 68 1 6 #> 15 68 2 0 #> 16 68 2 1 #> 17 68 2 2 #> 18 68 2 3 #> 19 68 2 4 #> 20 68 2 NA #> 21 68 2 6 #> 22 68 3 0 #> 23 68 3 1 #> 24 68 3 2 #> 25 68 3 3 #> 26 68 3 4 #> 27 68 3 NA #> 28 68 3 6 #> 29 68 4 0 #> 30 68 4 1 #> 31 68 4 2 #> 32 68 4 3 #> 33 68 4 4 #> 34 68 4 5 #> 35 68 4 6 #> 36 68 5 0 #> 37 68 5 1 #> 38 68 5 2 #> 39 68 5 3 #> 40 68 5 4 #> 41 68 5 5 #> 42 68 5 6 #> 43 68 6 0 #> 44 68 6 1 #> 45 68 6 2 #> 46 68 6 3 #> 47 68 6 4 #> 48 68 6 NA #> 49 68 6 6 #> 50 68 7 0 #> 51 68 7 1 #> 52 68 7 2 #> 53 68 7 3 #> 54 68 7 4 #> 55 68 7 5 #> 56 68 7 6 #> 57 68 8 0 #> 58 68 8 1 #> 59 68 8 2 #> 60 68 8 3 #> 61 68 8 4 #> 62 68 8 5 #> 63 68 8 6 #> 64 68 9 0 #> 65 68 9 1 #> 66 68 9 2 #> 67 68 9 3 #> 68 68 9 4 #> 69 68 9 5 #> 70 68 9 6 #> 71 68 10 0 #> 72 68 10 1 #> 73 68 10 2 #> 74 68 10 3 #> 75 68 10 4 #> 76 68 10 5 #> 77 68 10 6 #>